「RS计划」讲述了2025年，突如其来的名为「机巧」的存在向人类发起攻击，被逼上绝路的人类在日本发现机巧的残骸，「东京机巧研究所」开始研究机巧，对抗敌人。9年后人类开发出的机器投入了实战，少年佐神凛和少女御堂结弦背负上人类的希望加入了战斗，而等待着两人的，却是残酷的命运……